Haapsalu Linna Algkooli praeguses asukohas, aadressil Ehte 14, on kooliharidust antud juba 1839. aastast alates, mil asutati C.A. Hunniuse poolt esimene eestikeelne kool Haapsalus. Koolijuhataja oli Johanes Peterson. Õpingutega alustas esimesel koolitalvel 36 õpilast.

Uue koolihoone ehitust alustati 1. aprillil 1936. aastal. Koolihoone, mille arhitekt on Erika Nõva, ehitus läks tollasele Haapsalu Linnavalitsusele maksma 1,54 miljonit senti. Hoone on kaheosaline: kahekorruselises tiivas asuvad saal ja söökla, teine osa on kolmekorruseline, kus asuvad klassiruumid.
Kooli avaaktus toimus 6. jaanuaril 1938. aastal. Direktor oli Ago Viitar, koolis õppis 365 last. 1939. aastal tähistas tolleaegne Haapsalu Linna Algkool oma 100. aastapäeva.

Algkoolimajas tegutses pärast II maailmasõda mitmeid koole: Haapsalu Pedagoogiline Kool (1945 – 1956), Haapsalu Vene Keskkool (1956 -1964). 1964. aastal moodustati Haapsalu 8-klassiline kool – (1989 nimetati 9-klassiliseks kooliks)

1990. a reorganiseeriti Haapsalu 9-klassiline Kool, kuna tegutseti kahes majas: Wiedemanni tänav 15 – Haapsalu Wiedemanni Gümnaasium ja Ehte tänav 14 – Haapsalu Linna Algkool.

Direktorid:

* alates 1964 Friedel Joonasing
* alates 1973 Lembitu Varblane
* alates 1984 Tiit Räni
* alates 1988 Andres Huul
* alates 1990 Elmo Joa
* alates 2001 Kersti Arov
* alates 2007 Malle Õiglas

Üheks meeldejäävamaks ettevõtmiseks aastate jooksul on olnud osalemine 1996. aastal rahvusvahelises projektis “Linn linna all”, milles osalesid kõik õpilased ja õpetajad ning mille ettevõtjatena oma vanusegrupis käis Rooma linna imetlemas bussitäis lapsi ja õpetajaid.

1997. aastal alustas kool õpetamist Step by Step metoodika alusel, eestikeelse nimetusega Hea Algus. Hetkel rakendame Heast Algusest abiõpetajat 1.-2. klassis, keskuste päevi ja tagasisideringi.

Kuna asume Haapsalus Väikese viigi ääres, siis kooli maskotiks on pardipoeg.
Koolil on oma laul, mille autoriks on Kristjan Vilosius.

Emakeelepäeval 2001 esitlesime üldsusele esimest linna algkoolis kirjastatud raamatut – kogumikku õpilaste kümne aasta kestel kirjapandud töödest.

2001. aasta 1. septembrist kaotati koolis ära tunni lõpukella andmine, on jäänud vaid tunni alguse kell.